Les magistrats du siège – les juges – sont chargés de dire le droit en rendant des décisions de justice. Les juges dans leurs fonctions restant assis, on parle de "magistrature assise".

Les magistrats du parquet – les procureurs – ont pour fonction de requérir l’application de la loi. Ils défendent l’intérêt public et sont partie au procès. On parle de “magistrature debout” pour désigner les magistrats du ministère public dans la mesure où ces derniers prennent la parole debout aux audiences.

Les magistrats du siège et du parquet ne possèdent pas les mêmes missions, mais ils sont soumis à des règles de recrutement, de formation et d’avancement quasiment identiques. Ils sont tous formés à l’École nationale de la magistrature (ENM). 

Le principe de l’unité du corps judiciaire permet à chaque magistrat, au cours de sa carrière, de passer d’un groupe à l’autre. De même, magistrats du siège et du parquet partagent un devoir commun, défini à l'article 66 de la Constitution, de protection de la liberté individuelle.

Les magistrats du siège possèdent un statut leur garantissant une indépendance renforcée par rapport aux membres du parquet. L’article 64 de la Constitution prévoit ainsi leur inamovibilité ce qui signifie qu’ils ne peuvent recevoir d’affectation nouvelle sans leur consentement, même en cas d’avancement. Cette règle constitue l’une des traductions concrètes du principe d’indépendance de l’autorité judiciaire. Elle est en effet destinée à éviter les pressions hiérarchiques ou politiques sur les décisions des juges du siège.

À l’inverse, les magistrats du parquet sont soumis à un principe hiérarchique qui découle de la nature même de leurs fonctions, puisqu'ils sont notamment chargés de l’application de la politique pénale définie par le Gouvernement. Ils peuvent ainsi recevoir des instructions générales de politique pénale émanant du ministre de la justice. Depuis la loi du 25 juillet 2013 relative aux attributions du garde des Sceaux, cette subordination, qui ne fait en tout état de cause pas obstacle à la liberté de parole des procureurs à l’audience, ne peut plus se traduire par des instructions ministérielles dans les affaires individuelles. En revanche, et contrairement aux juges du siège, ces magistrats ne bénéficient pas de la garantie d’inamovibilité.