Le Conseil d’État assure, depuis le 1er janvier 1990, la gestion budgétaire, matérielle et humaine des tribunaux administratifs – jusqu'alors celle-ci était assurée par le ministère de l’Intérieur – ainsi que celle des cours administratives d’appel.
Cette gestion s’étend aux 42 tribunaux administratifs (dont 11 sont situés en outre-mer) et aux 8 cours administratives d’appel (une neuvième cour administrative d’appel doit être implantée à Toulouse d’ici fin 2021). Cette gestion est assurée par le secrétariat général du Conseil d'État. Le vice-président du Conseil d’État ordonnance les dépenses des tribunaux administratifs et des cours administratives d’appel.
Le secrétaire général assure également la gestion de la Cour nationale du droit d’asile (CNDA).
La formation des membres et des agents de toutes les juridictions gérées par le secrétaire général est assurée par le centre de formation de la juridiction administrative. Il s’agit d’une direction des services du Conseil d’État dont la mission est d’assurer la formation initiale et continue de près de 4000 personnes dont les fonctions et statuts diffèrent (1400 magistrats, 1400 agents de greffe, 500 agents de la Cour nationale du droit d’asile et 700 membres et agents du Conseil d’État).
