Le Tribunal des conflits intervient dans différentes hypothèses :
- le juge judiciaire se saisit d’un litige que l’administration estime relever de la compétence du juge administratif. On parle de "conflit positif" qui joue uniquement en faveur du juge administratif. L’administration (représentée par le préfet) met en œuvre la procédure de conflit en saisissant le Tribunal des conflits, ce n’est pas le juge administratif lui-même qui réclame le contentieux ;
- le juge judiciaire et le juge administratif se déclarent successivement incompétents pour juger d’un même litige (on parle de "conflit négatif"). Le Tribunal des conflits est alors appelé à se prononcer pour déterminer quel est le juge compétent ;
- les décisions successives du juge judiciaire et du juge administratif sont incohérentes et mettent le justiciable dans l’impossibilité d’obtenir une satisfaction à laquelle il a droit (déni de justice), le Tribunal des conflits peut rejuger l’affaire lui-même.
Pour préserver la neutralité de cette juridiction, sa composition est paritaire : quatre membres sont issus de la Cour de cassation (ordre judiciaire) et quatre du Conseil d’État (ordre administratif).
Jusqu'en 2015, en cas de partage égal des voix, le ministre de la justice intervenait comme départiteur. Aujourd'hui, c'est une composition élargie qui réexamine l'affaire.
Le Tribunal des conflits a joué un rôle fondamental dans la construction d’un droit spécifique à l’administration et dans la protection des prérogatives du juge administratif par rapport aux empiétements du juge judiciaire.