La médiation est définie comme "tout processus structuré, quelle qu’en soit la dénomination, par lequel deux ou plusieurs parties tentent de parvenir à un accord en vue de la résolution amiable de leurs différends, avec l’aide d’un tiers, le médiateur, choisi par elles ou désigné, avec leur accord, par la juridiction" (art. L. 213-1 du code de justice administrative). Les parties peuvent, en dehors de toute décision du juge, organiser une mission de médiation qui interrompt les délais de recours contentieux.
La loi du 18 novembre 2016 de modernisation de la justice du XXIe siècle a en particulier prévu de développer la médiation à l’initiative du juge. Il est prévu que lorsqu'un tribunal administratif ou une cour administrative d’appel est saisi d’un litige, le président de la formation de jugement peut, après avoir obtenu l’accord des parties, ordonner une médiation pour tenter de parvenir à un accord entre celles-ci (art. L. 213-7 du code de justice administrative). Cette décision n’est pas susceptible de recours. À la fin du processus, le médiateur informe le juge de l’existence ou non d’un accord entre les parties. S’il y a accord, le tribunal peut, s’il est saisi de conclusions en ce sens, "homologuer et donner force exécutoire à l’accord issu de la médiation" (art. L. 213-4 CJA). S’il n’y a pas accord, l’affaire est soumise au juge.
En 2019, on dénombre 1040 médiations et 66% des médiations engagées à l’initiative des juridictions ont abouti à un accord.
À titre expérimental, jusqu'au 31 décembre 2021, des décrets en Conseil d’État peuvent prévoir que les recours contentieux formés par certains agents publics à l’encontre d’actes relatifs à leur situation personnelle et les requêtes relatives aux prestations, allocations ou droits attribués au titre de l’aide ou de l’action sociale, du logement ou en faveur des travailleurs privés d’emploi font l’objet d’une médiation préalable obligatoire.