Le juge des enfants est investi d’une mission de sauvegarde des mineurs en danger, définie par l’ordonnance du 23 décembre 1958 relative à la protection de l'enfance et de l'adolescence en danger. Il est principalement chargé de la mise en œuvre des mesures d’assistance éducative "si la santé, la sécurité ou la moralité d’un mineur non émancipé sont en danger, ou si les conditions de son éducation […] sont gravement compromises" (article 375 du code civil). Il peut s’agir par exemple de faire suivre une famille par un éducateur spécialisé.
Le juge des enfants peut également ordonner des mesures d’assistance éducative (comme le placement d’un enfant en famille d’accueil) avec le concours de la force publique afin d’assurer la protection des mineurs en danger.
En matière pénale, la mission du juge des enfants est définie par le code de la justice pénale des mineurs qui pose le principe d’une justice pénale des mineurs à la fois protectrice et répressive.
L’exigence de spécialisation conduit à confier au juge des enfants les rôles de juge d’instruction, de juge du fond et de juge d’application des peines. En matière de justice répressive des mineurs, c’est l’exigence de personnalisation de la réponse pénale qui prévaut, c’est-à-dire le fait de tenir compte des circonstances de l’infraction et de la personnalité de l’auteur, afin d’assurer à la peine une dimension éducative et de prévenir au maximum la récidive.
Le code de la justice pénale des mineurs instaure une mesure éducative judiciaire unique. Prononcée par le juge, elle peut comporter différents modules (insertion, placement, santé, réparation de l'infraction commise).
Le juge des enfants est assisté dans l’exercice de ses missions par de multiples partenaires, dont les services de l’aide sociale à l’enfance (ASE) et de la protection judiciaire de la jeunesse (PJJ) et diverses associations et spécialistes du domaine de la protection de l’enfance qui assurent son information et le suivi de ses décisions.