Le Conseil d’État doit assurer la gestion de l’ensemble de la justice administrative, c’est-à-dire 42 tribunaux administratifs, 9 cours administratives d’appel (la neuvième cour administrative d’appel est implantée à Toulouse depuis décembre 2021) et la Cour nationale du droit d’asile. Le secrétariat général du Conseil d’Etat assure cette mission, il est toutefois assisté du Conseil supérieur des tribunaux administratifs et des cours administratives d’appel (CSTACAA) qui est un organe consultatif indépendant. Consulté sur tous les textes concernant le fonctionnement de la juridiction administrative et composé de magistrats élus et de personnalités qualifiées, cet organe est une garantie de l’indépendance des magistrats administratifs.
Le Conseil d’État est selon l’article L. 112-5 du code de justice administrative, chargé "d’une mission permanente d’inspection à l’égard des juridictions administratives". Créée par l’ordonnance du 31 juillet 1945 portant sur le Conseil d'État, cette mission est exercée, sous l’autorité directe du vice-président, par un conseiller d’État président de la mission permanente d’inspection des juridictions administratives. Elle contrôle l’organisation et le fonctionnement des juridictions. Elle effectue chaque année un programme de visites d’inspection. La mission veille à la diffusion de "bonnes pratiques" destinées à améliorer le fonctionnement des juridictions. Elle traite les demandes de parties faisant état de durée excessive de procédure devant les juridictions.
Le président de la mission d’inspection des juridictions administratives exerce en outre des attributions particulières. Par exemple, il préside le jury des concours de recrutement direct des magistrats administratifs (art. R. 233-9 CJA) et reçoit les déclarations d’intérêts des présidents des tribunaux administratifs et des cours administratives d’appel.
Le budget est élaboré par le secrétariat général du Conseil d’État et il est négocié par ce dernier directement avec le Gouvernement. Le budget de l’ensemble des juridictions administratives gérées par le Conseil d’État figure, dans le cadre de la loi de finances, au programme 165 “Conseil d'État et autres juridictions administratives”.
Dans la loi de finances pour 2021, le budget de ce programme est fixé à 451,705 millions d’euros en crédits de paiement demandés, soit une augmentation de 2,8% des crédits de paiements par rapport à la loi de finances pour 2020. L’accroissement du contentieux de l’asile entraîne une augmentation régulière des moyens accordés au programme 165.
