La Cour des comptes juge directement les comptes des comptables publics, à l’exception de ceux qui relèvent de la compétence des chambres régionales ou territoriales. Par ses arrêts, elle se prononce sur les comptes de 129 comptables de l’État (comptables supérieurs du Trésor, receveurs des impôts et des douanes), de 687 comptables d’établissements publics et de 512 comptables de groupement d’intérêt public et d’autres organismes. Les comptes des comptables de l’État dans le territoire de Wallis-et-Futuna ne dépendant d’aucune chambre territoriale sont jugés par la Cour des comptes.
À cet effet, les comptables produisent annuellement leurs comptes à la Cour des comptes, appuyés des pièces générales et justificatives (art. R.131-2 Code des juridictions financières).
En ce qui concerne les opérations de l’État, la Cour des comptes reçoit trimestriellement les pièces justificatives des recettes et des dépenses effectuées au titre du budget général, des budgets annexes et des comptes spéciaux du Trésor.
La procédure d’apurement administratif s’applique dans certains cas : par exemple, le directeur de la direction spécialisée des finances publiques pour l’étranger est compétent pour arrêter les comptes des établissements et organismes culturels à l’étranger (art. D.131-30 Code des juridictions financières).
La Cour des comptes juge également les comptes des personnes qu’elle a déclarées comptables de fait, c’est-à-dire des personnes qui ont manié des deniers publics alors que, contrairement aux comptables « patents », elles n’y étaient pas autorisées.
La Cour des comptes (4e chambre) statue enfin par des arrêts sur les appels formés contre les jugements des chambres régionales et des chambres territoriales des comptes ; de tels arrêts sont dénommés « arrêts d’appel ».
Fondement juridique
C’est la loi du 16 septembre 1807 relative à l’organisation de la Cour des Comptes qui a, en son article 13, fixé la procédure de jugement des comptes : « La cour réglera et apurera les comptes qui lui seront présentés ; elle établira par ses arrêts définitifs si les comptables sont quittes, ou en avance, ou en débet.
Dans les deux premiers cas, elle prononcera leur décharge définitive, et ordonnera mainlevée et radiation des oppositions et inscriptions hypothécaires mises sur leurs biens à raison de la gestion dont le compte est jugé.
Dans le troisième cas, elle les condamnera à solder leur débet au trésor dans le délai prescrit par la loi.
Dans tous les cas, une expédition de ses arrêts sera adressée au ministre du Trésor, pour en faire suivre l’exécution par l’agent établi près de lui. »
Aujourd'hui, la procédure de jugement des comptes par la Cour des comptes est fixée aux articles L.141-1 A à L.O.142-2 et R.141-1 à D. 142-25 du Code des juridictions financières.