Certaines juridictions spécialisées sont dotées de compétences en matière civile :
- les tribunaux de commerce jugent les litiges entre commerçants ou sociétés commerciales (entre artisans d'ici 2022), les contestations relatives aux sociétés commerciales ou aux actes de commerce. Ils sont aussi compétents en matière de redressement et de liquidation judiciaires lorsque des commerçants ou des artisans sont concernés. Ils sont composés de juges non professionnels élus par leurs pairs ;
- les conseils de prud'hommes sont des juridictions paritaires. Composés de représentants des salariés et des employeurs, ils tranchent les litiges concernant la formation, l’exécution et la rupture du contrat de travail ;
- le tribunal paritaire des baux ruraux juge les litiges entre propriétaires et exploitants de terres ou bâtiments agricoles. Il est composé d’un juge professionnel qui préside les audiences et de quatre juges non professionnels : deux représentants des propriétaires et deux représentants des exploitants.
Le rôle des juridictions d’exception en matière pénale tend à se réduire, mais quelques tribunaux et cours répressives spécialisés existent encore :
- les mineurs qui se voient reprochés la commission d'une infraction relèvent de la compétence du juge des enfants, du tribunal pour enfants ou de la cour d'assises des mineurs ;
- en matière militaire, chaque cour d’appel possède une juridiction spéciale, chargée de juger les crimes et délits commis en temps de paix par des militaires dans l'exercice de leur service sur le territoire; les infractions commises hors du pays sont jugées par une formation spécialisée du tribunal judiciaire de Paris ; d’autres juridictions spécialisées sont prévues pour juger les militaires en temps de guerre ;
- en matière politique, les membres du gouvernement relèvent de la Cour de justice de la République tandis que le président de la République relève de la Haute Cour ;
- les infractions commises dans certains domaines relèvent de formations spécialisées des juridictions de droit commun. Par exemple, une cour d’assises spécialisée, exclusivement composée de magistrats professionnels, est compétente en matière terroriste.
La Cour nationale du droit d’asile (CNDA) est une juridiction administrative spécialisée.
Elle est compétente pour examiner les recours formés contre les décisions de l'Office français de protection des réfugiés et apatrides (OFPRA ) en matière de demande d’asile.