Les chambres régionales et territoriales des comptes (CRTC) contrôlent les comptes des collectivités territoriales (communes, départements, régions) et des établissements publics locaux (établissements publics de coopération intercommunale, lycées, collèges, hôpitaux, maisons de retraite, offices publics de l’habitat, offices de tourisme...).

Les CRTC contrôlent également les comptes des groupements d'intérêt public, dès lors que les collectivités et organismes soumis à son contrôle y détiennent, séparément ou ensemble, plus de la moitié du capital ou des voix dans les organes délibérant ou exercent un pouvoir prépondérant de décision ou de gestion. 

D’autres organismes publics (comme les chambres de commerce et d’industrie, les chambres des métiers et de l’artisanat et les centres régionaux des œuvres universitaires et scolaires) sont susceptibles d’être contrôlés par les CRTC par délégation de la Cour des comptes. 

L'ordonnance du 23 mars 2022 relative au régime de responsabilité financière des gestionnaires publics vise à unifier et centraliser les contentieux liés à la gestion des comptes publics. Concrètement, depuis le 1er janvier 2023, cela se traduit par : 

• l'unification du régime de responsabilité des gestionnaires publics, qu'ils soient ordonnateurs ou comptables ;
• la création d'une 7e chambre de la Cour des comptes chargée du contentieux, composée de magistrats de la Cour des comptes et de magistrats des CRTC. Cette nouvelle chambre reprend à la fois la compétence de la Cour de discipline budgétaire et financière (CDBF, supprimée par la réforme) et les missions juridictionnelles des CRTC à l'égard des comptables. 

Dorénavant, les CRTC ont seulement qualité pour "déférer au ministère public public près la Cour des comptes" les faits "susceptibles de constituer une faute grave ayant causé un préjudice financier significatif" (d'après le code des juridictions financières).