La présidence du Conseil d'État est assurée par le vice-président du Conseil d’État. Toutefois, l'assemblée générale du Conseil d'État peut être présidée par le Premier ministre et, en son absence, par le garde des sceaux, ministre de la justice, en vertu des dispositions de l'art. L. 121-1 du code de justice administrative.
Maintenue jusqu'à aujourd'hui, l’appellation "vice-président" est héritière de l’histoire :
- sous l’Ancien Régime, le chancelier remplaçait le roi pour présider le Conseil d’État ;
- sous la IIIe République, un vice-président présidait le Conseil d’État en l’absence du garde des Sceaux ;
- sous la IVe République, le vice-président présidait l’assemblée générale du Conseil d’État en l’absence du chef du Gouvernement et du garde des Sceaux.
Premier fonctionnaire de l’État, le vice-président est placé comme tel dans les cérémonies publiques. Dans l'ordre protocolaire, il est au premier rang des autorités civiles et militaires de l'État après les membres du Gouvernement, les présidents des assemblées parlementaires et du Conseil constitutionnel. Le vice-président du Conseil d'État présente traditionnellement les vœux de l’administration française au président de la République.
Le vice-président dirige l’ensemble de la juridiction administrative. À ce titre, il préside le Conseil supérieur des tribunaux administratifs et des cours administratives d’appel (art. L. 232-1 et s. du code de justice administrative). Il préside également le conseil d’administration de l’École nationale d’administration (ENA).
Le bureau du Conseil d’État comprend, sous la présidence du vice-président, les présidents de la section du contentieux et des six sections administratives (intérieur, finances, travaux publics, sociale, administration, rapport et études) et le secrétaire général du Conseil d’État.
Le secrétaire général du Conseil d’État est un conseiller d’État (ou un maître des requêtes) nommé par décret du président de la République sur proposition du vice-président du Conseil d’État délibérant avec les sept présidents de section. Le Conseil d’État assure sa propre gestion, gère son budget et ses personnels. Le secrétaire général dirige les services du Conseil d’État et prend les mesures nécessaires à la préparation de ses travaux, à leur organisation et à la gestion du corps des membres des tribunaux administratifs et des cours administratives d’appel.
