La Constitution de 1958 répond aux exigences de la loi constitutionnelle du 3 juin 1958 qui confie à Charles de Gaulle, président du Conseil du dernier gouvernement de la IVe République, le pouvoir de réviser la Constitution. Cette loi prévoit le maintien d’un régime parlementaire, caractérisé par la responsabilité du Gouvernement devant le Parlement (le Parlement peut renverser le Gouvernement). L'article 50 de la Constitution pose clairement le principe de la responsabilité du Gouvernement devant l'Assemblée nationale. Il impose sa démission en cas d'adoption par celle-ci d'une motion de censure ou de vote négatif sur son programme ou sur une déclaration de politique générale.

Une autre préoccupation des constituants est de rompre avec l’instabilité ministérielle caractéristique du régime d’assemblée, sans pour autant instituer un régime présidentiel : "À la confusion des pouvoirs dans une seule assemblée, à la stricte séparation des pouvoirs avec priorité au chef de l’État, il convient de préférer la collaboration des pouvoirs : un chef de l’État et un Parlement séparés, encadrant un gouvernement issu du premier et responsable devant le second, entre eux un partage des attributions donnant à chacun une semblable importance dans la marche de l’État et assurant les moyens de résoudre les conflits qui sont, dans tout système démocratique, la rançon de la liberté."

On appelle parlementarisme rationalisé l’ensemble des dispositions définies par la Constitution de 1958 ayant pour but d’encadrer les pouvoirs du Parlement afin d’accroître les capacités d’action du Gouvernement. La Constitution encadre strictement les prérogatives de législation et de contrôle des deux chambres composant le Parlement (Assemblée nationale et Sénat) au profit du Gouvernement.

Le domaine de la loi est désormais limité aux seuls champs énumérés par la Constitution (art. 34). Le pouvoir réglementaire détenu par l'exécutif s’en trouve ainsi étendu à toutes les matières qui ne figurent pas explicitement parmi les prérogatives du Parlement. Il s’agit d’une évolution très importante, car la loi pouvait jusque-là traiter de toutes les questions et s’imposait systématiquement face au pouvoir réglementaire.

De même, l’institution d’un contrôle de constitutionnalité des lois et des règlements des assemblées, c’est-à-dire la vérification de leur conformité à la Constitution, constitue une remise en cause du caractère incontestable de la loi. L'instauration d'un tel organe de contrôle garantit la pérennité de l’équilibre des pouvoirs.

On peut citer aussi le contrôle de l’ordre du jour des deux chambres par le Gouvernement (même si, depuis la réforme constitutionnelle du 23 juillet 2008, le gouvernement n’en définit plus qu’une partie) et la faculté pour ce dernier de légiférer par ordonnances.

De même, l’incompatibilité entre les fonctions ministérielles et le mandat parlementaire marque une séparation stricte entre le personnel gouvernemental et les parlementaires. Dans les régimes précédents, les fonctions exécutives étaient systématiquement exercées par des parlementaires qui conservaient, pendant leurs fonctions ministérielles, leur droit de vote dans leur chambre d’origine.

La modification du mode d’élection du président de la République modifie profondément l'équilibre institutionnel en consacrant la prépondérance et la centralité du chef de l’État au sein des institutions. La réforme permet au chef de l’État de bénéficier d'une légitimité électorale supérieure à celle des députés, puisque ceux-ci sont élus dans le cadre de circonscriptions limitées et qu’ils sont divisés en différents groupes politiques, tandis que le Président est élu directement par l’ensemble des citoyens, sur tout le territoire national. 

Le Président devient ainsi la clé de voûte du système politique, alors que son droit de dissolution limite la possibilité pour l’Assemblée nationale de mettre en cause la responsabilité du Gouvernement.

Dans le même sens, le vote de confiance sur le programme du Gouvernement par l’Assemblée nationale perd son caractère systématique à compter de 1962. La procédure prévue par l'article 49 de la Constitution prévoit deux mécanismes distincts pour le vote de confiance. Une fois le Premier ministre désigné et les autres membres du gouvernement nommés sur sa proposition par le président de la République, la nouvelle équipe sollicite la confiance de l’Assemblée nationale sur son programme. Le Premier ministre a, par ailleurs, la possibilité de solliciter cette confiance ultérieurement, en demandant un vote des députés sur une déclaration de politique générale.

La réforme constitutionnelle de 1962 modifie l’interprétation de l'article 49. L’usage selon lequel le Premier ministre ne procède que du seul président de la République s’est ainsi imposé, en dehors des périodes de cohabitation. L’engagement de responsabilité du Gouvernement après sa désignation est devenu facultatif : certains gouvernements sont ainsi entrés en fonction sans solliciter la confiance de l’Assemblée, d’autres ont procédé à une déclaration de politique générale, sans qu’elle soit pour autant nécessairement suivie d’un vote.

Les évolutions dans l'interprétation du texte constitutionnel entraînent aussi une rupture dans la tradition républicaine, qui voulait que le chef du Gouvernement soit toujours issu du Parlement. Le choix de Georges Pompidou en 1962 devait ainsi marquer la prééminence du chef de l’État dans la désignation de l’équipe gouvernementale. En nommant à cette fonction un de ses collaborateurs personnels qui n’avait jamais exercé de mandat parlementaire, Charles de Gaulle signifiait à l’Assemblée nationale qu’elle n’avait plus de rôle à jouer dans la désignation du ministère.

Parallèlement, le principe de la responsabilité du Premier ministre devant le président de la République a été consacré, en marge du texte constitutionnel, par l’usage. Le chef de l’État a ainsi exigé à plusieurs reprises la démission du Gouvernement sans que l’Assemblée nationale n’ait pour autant adopté de motion de censure.

Cette responsabilité du gouvernement devant le chef de l’État constitue l’une des caractéristiques du fonctionnement de la Ve République. Dans sa conférence de presse du 31 janvier 1964, le général de Gaulle devait ainsi préciser sa conception des fonctions présidentielle et primo-ministérielle : “Il est normal chez nous que le président de la République et le Premier ministre ne soient pas un seul et même homme. Certes, on ne saurait accepter qu’une dyarchie existât au sommet. Mais, justement, il n’en est rien. […] Le Président est évidemment seul à détenir et à déléguer l’autorité de l’État. Mais, précisément, la nature, l’étendue, la durée de sa tâche impliquent qu’il ne soit pas absorbé, sans relâche et sans limite, par la conjoncture, politique, parlementaire, économique et administrative. Au contraire, c’est là le lot, aussi complexe et méritoire qu’essentiel, du Premier ministre français.”

Dans ce contexte, le caractère parlementaire du régime est devenu moins important. Le président de la République apparaît comme le chef de l’exécutif, mais n’est pas responsable devant le Parlement. De même, si le Gouvernement est en droit responsable devant l’Assemblée nationale, il ne l’est en fait que devant le président de la République.

La majorité parlementaire a désormais pour vocation première le soutien de la politique présidentielle. Les élections législatives sont devenues une confirmation du résultat de l’élection présidentielle et dont la principale fonction est l’élection d’une majorité acquise au président lui donnant les moyens de gouverner. La notion de majorité présidentielle s’est ainsi peu à peu imposée, alors qu’elle était inconcevable sous la IIIe et IVe Républiques. Le chef de l’État n’interférait pas alors dans les relations entre le Gouvernement et la majorité parlementaire en dehors de la nomination du président du Conseil (le Premier ministre d’alors).

La défaite de la majorité présidentielle aux élections législatives de 1986, 1993 et 1997 a eu pour conséquence le retour à un fonctionnement parlementaire du régime. Si le président de la République est désavoué aux élections législatives et ne démissionne pas, il ne peut nommer un Premier ministre dépourvu de majorité parlementaire. Il doit donc nécessairement le désigner au sein de cette dernière.

Le chef de l’État perd ainsi sa fonction de chef de l’exécutif, la légitimité issue de l’élection présidentielle ayant été en quelque sorte effacée par celle provenant des élections législatives.

Dans ce cas de figure, le chef du gouvernement n’est donc plus responsable devant le président de la République. Il ne peut gouverner qu’en s’appuyant sur l’Assemblée nationale, qui redevient la seule et unique source de légitimité du Gouvernement. Il est toutefois difficile pour l’Assemblée de mettre en cause la responsabilité de l’équipe gouvernementale. Le président de la République, devenu le chef de l’opposition parlementaire, pourrait tirer parti des désaccords entre la majorité parlementaire et le Gouvernement et procéder à une dissolution et à de nouvelles élections législatives.

Le retour au fonctionnement parlementaire dans les périodes de cohabitation ne signifie pas que le rôle des assemblées parlementaires soit plus important que dans les périodes de fonctionnement normal du régime. La cohabitation renforce les contraintes issues du fait majoritaire.

Le chef de l’État conserve en cas de cohabitation des prérogatives plus importantes que celles qu’il détenait sous les Républiques précédentes. Il a un pouvoir de décision autonome dans les affaires relevant du “domaine réservé”, c’est-à-dire en matière diplomatique et militaire. Il conserve également la présidence du conseil des ministres et le pouvoir de nomination des fonctionnaires civils et militaires de l’État. L’usage a également reconnu au Président un droit de regard sur l’ordre du jour des sessions extraordinaires des assemblées parlementaires.

C’est aussi l’usage qui lui a conféré le pouvoir de s’opposer à la promulgation des ordonnances, malgré l’accord du Parlement (exemple : François Mitterrand lors de la première cohabitation entre 1986 et 1988).

Ces pouvoirs importants du chef de l’État dans les périodes de cohabitation n’ont aucun équivalent dans le régime parlementaire : le rôle du chef de l’État y est en principe limité à l’authentification des actes du chef du gouvernement, et les pouvoirs qu’il détient par la Constitution ont une portée plus symbolique que réelle. Cette situation institutionnelle rappelle en tout état de cause la nature hybride de la Ve République qui n’est ni présidentielle ni parlementaire.