Le Directoire se préoccupe davantage de la stabilisation civile et économique du pays, et de conquêtes militaires en Europe, que de l’instauration de la démocratie. La Déclaration des droits, qui précède la Constitution, énonce un certains nombre de principes moraux voire réactionnaires (art. 5 : "Nul n’est homme de bien, s’il n’est franchement et religieusement observateur des lois"). La proclamation de la seule égalité devant la loi l’emporte sur la recherche de l’égalité politique.

La Convention thermidorienne protège les institutions à la fois contre un retour de la monarchie et contre la dictature d’un homme issu de l’Assemblée. Cette recherche de l’équilibre conduit néanmoins à la paralysie, la Constitution de l’an III consacrant en effet des pouvoirs nouveaux qui sont étroitement séparés.

Deux assemblées sont créées, le Conseil des Anciens (250 membres) et le Conseil des Cinq-Cents (500 membres). Si l’âge de 30 ans suffit pour appartenir aux Cinq-Cents, les Anciens doivent avoir 40 ans et être mariés ou veufs (ces conditions étant un gage de sagesse et de raison). Les membres de ces assemblées sont élus pour trois ans, renouvelables par tiers tous les ans : ce renouvellement partiel, une première en France, est destiné à assurer une continuité politique et à éviter des changements de majorité trop brutaux.

Le suffrage universel est supprimé au profit d’un suffrage censitaire réservé aux contribuables, et l’élection à deux degrés est rétablie. La Constitution de l’an III refuse la démocratie semi-directe s’appuyant sur le référendum législatif : seul le référendum constituant est prévu.

Le Directoire, organe exécutif collégial, est composé de cinq membres, nommés pour cinq ans et choisis par le Conseil des Anciens sur une liste de dix noms présentés par le Conseil des Cinq-Cents. L’égalité entre eux est garantie de manière rigoureuse afin d’éviter la dictature d’un des Directeurs. Le pouvoir exécutif appartient aux Directeurs, qui disposent d’attributions importantes, tandis que les ministres ne sont que de simples agents d’exécution, sans pouvoir politique.

Nulle trace de régime parlementaire : les Directeurs ne sont pas révocables par les Assemblées, et il n’existe ni interpellation ni question. La volonté de séparation des pouvoirs est poussée jusqu'à l’extrême : les Directeurs n’ont ni initiative des lois, ni droit de veto et ils ne collaborent pas à l’édiction de la loi, qui est l’œuvre du seul Corps législatif. Pour les rédacteurs de la Constitution, il faut éviter la dictature de l’exécutif. En sens inverse, le Corps législatif n’a aucun moyen d’action sur le Directoire et ne peut le renverser : il faut alors prémunir le régime contre la dictature de l’assemblée.

La difficulté est qu’aucun mécanisme institutionnel n’est prévu pour résoudre les conflits. La révision de la Constitution elle-même étant enfermée dans des conditions impossibles à réaliser, seul un coup d’État pourrait permettre de modifier le régime, et d’ailleurs, plusieurs tentatives se succéderont. Celle qui finit par emporter le régime du Directoire, et aussi la République, est le coup de force politico-militaire de Napoléon Bonaparte, appuyé par Sieyès, alors Directeur, le 18 brumaire an VIII (9 novembre 1799).

Le pouvoir législatif est aussitôt suspendu. Comme l’affirme la proclamation des Consuls du 24 frimaire an VIII (15 décembre 1799) : "Citoyens, la Révolution est fixée aux principes qui l’ont commencée : elle est finie".