Le président de la République est "garant de l’indépendance de l’autorité judiciaire" (art. 64). Le Conseil supérieur de la magistrature (CSM) l’assiste dans cette fonction.
Originellement, le président de la République présidait le Conseil supérieur de la magistrature et en nommait tous les membres. La révision constitutionnelle du 27 juillet 1993 a mis fin à ce pouvoir exclusif de nomination, qui semblait permettre au chef de l’État d’exercer une influence excessive sur l’autorité judiciaire. Par ailleurs, depuis la révision constitutionnelle du 23 juillet 2008, il ne préside plus le CSM.
Le président de la République conserve en revanche le pouvoir de nommer les magistrats professionnels (art. 13 de la Constitution, art. 26 et 28 de l’ordonnance du 22 décembre 1958 relative au statut de la magistrature). Il exerce cette prérogative après avis conforme du CSM, ou sur sa proposition, pour les magistrats du siège. Il possède en revanche un grand pouvoir de nomination des magistrats du parquet, le CSM n’émettant qu’un avis simple. Cependant, la pratique veut qu’il respecte les avis du CSM dans leur grande majorité.
Le président de la République dispose du droit de grâce (art. 17 de la Constitution). La grâce présidentielle dispense le condamné d’exécuter tout ou partie de sa peine. Le décret de grâce doit être contresigné par le Premier ministre et le ministre de la justice. Depuis la révision constitutionnelle du 23 juillet 2008, cette prérogative présidentielle est limitée à la grâce individuelle.
