Chaque chambre adopte son propre Règlement. Celui-ci détermine les règles de procédure et la composition des organes de l’assemblée. Avant 1958, les assemblées fixaient leur Règlement souverainement. Elles agissent désormais sous le contrôle du Conseil constitutionnel, qui vérifie la conformité de leur règlement à la Constitution. Certaines normes d’organisation interne sont précisées dans l’Instruction générale du Bureau.
Les assemblées ont un statut financier particulier. Leurs crédits sont fixés par une commission commune, présidée par un membre de la Cour des comptes et composée de parlementaires, et ils sont inscrits automatiquement au budget de l’État.
Elles jouissent d’une autonomie complète de gestion, leur budget étant exécuté par les questeurs (trois parlementaires de chaque assemblée élus à cet effet) et contrôlé par une commission spéciale.
Au titre de l’autonomie administrative, chaque assemblée dispose de ses corps de fonctionnaires, recrutés par concours, qui assurent en toute indépendance leur fonctionnement administratif et aident les parlementaires à accomplir leur mandat.
Enfin, les présidents des assemblées assurent le maintien de l’ordre dans l’enceinte parlementaire et peuvent requérir les forces de l’ordre pour en protéger les abords. Le palais Bourbon (Assemblée nationale) et le palais du Luxembourg (Sénat) sont ainsi surveillés par des gardes républicains mis à leur disposition.