La loi de finances ou le budget de l'État distinguent le budget général, les budgets annexes et les comptes spéciaux. Le budget général retrace l'ensemble des recettes et des dépenses de l'État à l'exception des recettes affectées à des dépenses particulières. Ces recettes et ces dépenses particulières sont présentées dans des comptes spéciaux ou des budgets annexes.

Si le nombre des comptes spéciaux et des budgets annexes a considérablement diminué depuis la Seconde Guerre mondiale, la loi organique relative aux lois de finances (LOLF) en a maintenu la possibilité tout en précisant leurs modalités. Les comptes spéciaux et les budgets annexes permettent de limiter :

• le recours à des procédés tendant à sortir des dépenses du champ du budget de l’État pour les faire supporter par d’autres acteurs (débudgétisation) ;
• la création d’établissements publics.

L’ordonnance de 1959 réservait les budgets annexes aux services de l’État non dotés de la personnalité morale et assurant une activité économique. On en comptait quatre : Journaux officiels, Monnaies et médailles, Aviation civile, Ordres de la Légion d’honneur et de la Libération.

La LOLF en a restreint le champ d’application, en les réservant aux services de l’État non dotés de la personnalité morale (une direction d'administration centrale, par exemple) et réalisant une production de biens ou de services donnant lieu au paiement de prestations. Demeurent seulement deux budgets annexes : Contrôle et exploitation aériens (budget de la Direction générale de l'aviation civile) et Publications officielles et information administrative (budget de la direction de l'information légale et administrative).

Seule la loi de finances peut créer un budget annexe et lui affecter des recettes.

Les budgets annexes sont régis par des règles de présentation et de fonctionnement particulières, reflétant leur activité économique et commerciale. Chaque budget annexe est assimilé à une mission et fait l’objet d’un vote.

Leur comptabilité doit se rapprocher du plan comptable général. Ils doivent être en équilibre comptable et affecter à leur désendettement les surplus de recettes constatés au cours de l’exercice.

La réforme de la LOLF de 2021 a adapté et mieux défini les règles relatives aux budgets annexes.

Créés à l’origine pour retracer de simples mouvements de fonds provisoires, les souplesses offertes par les comptes spéciaux du Trésor en firent un instrument très utilisé. Ainsi, on en comptait environ 400 en 1947, avant que leur nombre diminue. L’ordonnance de 1959 a cherché à rationaliser et à encadrer leur utilisation : en réservant leur création à la loi de finances (et non à la voie réglementaire), puis en les soumettant à la règle de l’annualité (même si leur solde est reporté sur l’exercice suivant) et au contrôle parlementaire.

La LOLF a rationalisé les comptes spéciaux en en restreignant le nombre de catégories à quatre :

• les comptes d’affectation spéciale (CAS) concernent des opérations à caractère définitif. Ils peuvent être d’une certaine importance financière (pensions, participations financières de l’État…) ou bien plus mineurs, mais concerner un secteur particulier (services nationaux de transport conventionnés de voyageurs, engagements en faveur de la forêt dans le cadre de la lutte contre le changement climatique…). La LOLF oblige à ce qu’il y ait une "relation directe, par nature" entre la recette et la dépense ;
• les comptes de commerce "retracent les opérations de caractère industriel ou commercial effectuées à titre accessoire par des services de l’État". La loi de finances fixe un plafond de découvert et les prévisions de dépenses sont évaluatives. Ils concernent, par exemple, des opérations de gestion de la dette et de la trésorerie de l’État, les armées (approvisionnement en produits pétroliers) ou les établissements pénitentiaires (cantine et travail des détenus dans le cadre pénitentiaire, régie industrielle des établissements pénitentiaires) ;
• les comptes d’opérations monétaires, et notamment le compte d’émission des monnaies métalliques et celui des opérations avec le Fonds monétaire international (FMI) ;
• les comptes de concours financiers qui regroupent : les comptes de prêts retraçant les opérations de prêts réalisées par l’État (il s’agit surtout de prêts à des États étrangers réalisés dans le cadre de la politique commerciale ou d’aide au développement) et les comptes d’avance retraçant les avances faites par l’État à des collectivités, organismes ou personnes privées.

La LOLF prévoit trois comptes en particulier : les CAS "Pensions", pour retracer les charges de pensions de l’État, et "Participations financières de l’État" pour retracer les recettes de privatisation ; le compte de commerce de "Gestion de la dette et de la trésorerie de l’État".

Les comptes spéciaux sont créés par la loi de finances. Ils ne peuvent comprendre de dépenses de personnel. Les comptes dotés de crédits sont présentés par programmes, gérés comme ceux du budget général. Pour les autres comptes, la loi de finances fixe un plafond de découvert. Chaque compte est voté séparément et est donc assimilé à une mission (regroupement de plusieurs programmes).