La compétence d’une chambre régionale et territoriale des comptes (CRTC) s’étend à toutes les collectivités territoriales de son ressort géographique, qu’il s’agisse des communes, des départements ou de la région, mais également de leurs établissements publics. Par ailleurs, la Cour des comptes a donné délégation aux CRTC pour contrôler certains établissements publics nationaux, comme certaines universités ou encore les chambres d’agriculture.

La réforme de la responsabilité des gestionnaires publics a conduit à la disparition de la compétence juridictionnelle de contrôle des comptes des CRTC. Dans ce cadre, les CRTC sont dotées d'une double compétence en matière de contrôle mais elles ne remplissent plus que des fonctions administratives et plus aucune mission de jugement.

Cette mission non juridictionnelle vise à garantir le respect par les collectivités des contraintes pesant sur leurs budgets. C’est un contrôle spécifique aux CRTC, sans équivalent au niveau de la Cour des comptes. Il constitue la contrepartie de la disparition de la tutelle en 1982, les budgets locaux n’étant plus soumis à un contrôle préfectoral préalable.

La CRC intervient dans quatre cas :

• lorsque le budget primitif est adopté trop tardivement (après le 15 avril), le préfet doit saisir la CRTC qui formule des propositions pour le règlement du budget sous un mois ;
• en cas d’absence d’équilibre réel du budget voté (recettes ne correspondant pas aux dépenses), trois délais se succèdent : 30 jours pour la saisine de la CRTC par le préfet, 30 jours pour que la CRTC formule ses propositions, un mois pour que l’organe délibérant de la collectivité régularise la situation, faute de quoi le préfet procède lui-même au règlement du budget ;
• en cas de défaut d’inscription d’une dépense obligatoire, la CRTC peut être saisie par le comptable public concerné, le représentant de l’État ou par une personne y ayant un intérêt. Elle constate ce défaut dans un délai d’un mois à compter de la saisine et adresse une mise en demeure à la collectivité en cause ;
• lorsque l’exécution du budget est en déficit, de 10% ou plus des recettes de la section de fonctionnement pour les communes de moins de 20 000 habitants, ou de 5% dans les autres cas, la CRC lui propose des mesures de rétablissement dans un délai d’un mois à compter de sa saisine par le représentant de l’État. Elle valide le budget primitif afférent à l’exercice suivant.

Mission non juridictionnelle, ce contrôle vise à examiner la régularité et la qualité de la gestion des collectivités territoriales. Il porte non seulement sur l’équilibre financier des opérations de gestion et le choix des moyens mis en œuvre, mais également sur les résultats obtenus par comparaison avec les moyens et les résultats des actions conduites.

Se prononçant sur la régularité des opérations et l’économie des moyens employés, et non en termes d’opportunité des actes pris par les collectivités territoriales, les CRTC cherchent d’abord à aider et inciter ces dernières à se conformer au droit, afin de prévenir toute sanction.