Après leur vote, les budgets locaux sont transmis au préfet qui exerce un contrôle de légalité et un contrôle budgétaire en liaison avec la chambre régionale des comptes qu’il saisit et à laquelle il demande un avis. Ces deux contrôles, aux finalités différentes, peuvent être complémentaires :

• le contrôle de légalité porte sur les conditions d’élaboration, d’adoption ou de présentation des documents budgétaires et de leurs annexes ;
• le contrôle budgétaire doit faire respecter les règles de gestion (le calendrier, la règle de l’équilibre, de l’universalité, de la spécialité, de la sincérité des documents budgétaires et l’inscription des dépenses obligatoires) applicables lors de l’élaboration et de l’exécution du budget.

Le comptable public exécute les opérations financières et tient un compte de gestion dans lequel il indique toutes les dépenses et recettes de la collectivité.

Il vérifie que les dépenses sont décomptées sur le bon chapitre budgétaire et que l’origine des recettes est légale. Il ne peut pas effectuer un contrôle d’opportunité puisqu'il ne peut pas juger de la pertinence des choix politiques effectués par les collectivités puisqu'elles s’administrent librement. Dans le cas contraire, l’ordonnateur peut "requérir" le comptable, c’est-à-dire le forcer à payer.

Dès lors que le comptable détecte une illégalité, il rejette le paiement décidé par l’ordonnateur.

Les comptables publics n'engagent plus leur responsabilité pécuniaire et personnelle sur les paiements qu’ils effectuent depuis la réforme de la responsabilité financière des gestionnaires publics.