Le comptable public a une double fonction, de caissier et de payeur (art. 13 du décret relatif à la gestion budgétaire et comptable – GBCP – du 7 novembre 2012) :

• en tant que caissier, il a le monopole de la manutention des deniers publics, soit directement, soit par l’intermédiaire d’agents sous son contrôle et sa responsabilité ;
• en tant que payeur lui revient la charge de faire les vérifications sur la régularité des opérations décidées par l’ordonnateur (correcte imputation des crédits, existence de pièces justificatives…).

L’importance de ces missions explique que les comptables publics s’exposaient à une responsabilité personnelle et pécuniaire prévue à l’article 17 du décret GBCP : "Les comptables publics sont personnellement et pécuniairement responsables des actes et contrôles qui leur incombent." 

Ce régime de responsabilité a été réformé par l'ordonnance du 23 mars 2022. Depuis le 1^er janvier 2023, la responsabilité personnelle et pécuniaire est abrogée. L'article 17 du décret GBCP dispose désormais :"À raison de l'exercice de leurs attributions, les comptables publics encourent une responsabilité dans les conditions fixées par la loi."

On distingue les comptables principaux, qui rendent leurs comptes directement auprès du juge des comptes, et les comptables secondaires, qui les rendent à un comptable principal.

Les comptables publics exercent une fonction, contrairement aux ordonnateurs qui remplissent leurs attributions financières à raison d’une position statutaire qu’ils occupent par ailleurs – ministres, maires… Pour la quasi-totalité d’entre eux, les comptables publics sont nommés par le ministre des finances qui les assigne auprès d’une autorité ordonnatrice.

En raison de la nature particulière de ses fonctions, le comptable n’est pas placé sous l’autorité de l’ordonnateur et le pouvoir hiérarchique de son ministre de tutelle est limité (CE, 6 avril 1962, Sté technique des appareils centrifuges industriels) – ce qui est tout à fait atypique par rapport aux règles usuelles de la fonction publique.

La procédure de réquisition d'un comptable par l'ordonnateur permet au comptable de jouer pleinement son rôle de gardien des deniers publics et de proposer un mécanisme de résolution des blocages.

La réforme mise en place par l'ordonnance du 23 mars 2022, qui crée au 1^er janvier 2023 un régime juridictionnel de responsabilité financière commun à tous les gestionnaires publics, ordonnateurs comme comptables :

• sanctionne plus efficacement les gestionnaires publics ayant commis une faute grave ayant causé un préjudice financier significatif ;
• limite la sanction des fautes purement formelles ou procédurales, qui relèvent désormais d’une logique de responsabilité managériale.