La certification ne consiste pas à vérifier l’exactitude des écritures, mais à attester du respect des normes et des standards dans la tenue des comptes. De la sorte, la certification des comptes, inspirée du contrôle de gestion opéré dans les entreprises par les commissaires aux comptes, est un mécanisme d’audit permettant de garantir leur fiabilité. En toute transparence, les comptes produits sont donc dignes de confiance, pour les citoyens mais aussi, et surtout, les bailleurs de fonds potentiels sur les marchés.
Avec un usage quasi exclusif de l’emprunt bancaire classique, l’intérêt pour les collectivités de la certification est assez limité. Mais avec le développement de la désintermédiation, les collectivités tentées par l’emprunt obligataire ou l’adhésion à l’Agence France Locale (AFL, qui permet l’accès à l’emprunt obligataire) ont tout à gagner à ce que la qualité de leurs comptes – et celle de leur gestion en amont – soit formellement établie.
La loi NOTRe de 2015 a prévu une expérimentation de la certification des comptes locaux pour associer le secteur local à l’effort de régularité, de sincérité et de fidélité des comptes publics. Cette expérimentation a été menée de 2017 à 2023 avec 25 collectivités de toutes natures et de toutes tailles (dont la liste a été fixée par un arrêté du 10 novembre 2016).
Sur les 25 collectivités engagées dans l'expérimentation, 14 ont obtenu la certification de leurs comptes 2021.
La Cour des comptes a établi un bilan de l'expérimentation de la certification des comptes locaux en janvier 2023. Selon la Cour, toutes les collectivités devraient adopter une démarche de fiabilisation des comptes mais seules les plus importantes devraient s'orienter vers la certification. Un rapport du Sénat de juin 2023 voit dans la certification un vecteur de développement du contrôle interne mais relève des difficultés, notamment le coût annuel de la certification (entre 100 000 et 540 000 euros pour une commune). Le Sénat propose de ne rendre la certification obligatoire que pour les régions.
