Les juridictions financières remplissent des missions juridictionnelles et des missions non juridictionnelles. 

Depuis l'entrée en vigueur de la réforme prévue par l'ordonnance du 23 mars 2022, un régime unifié de responsabilité financière des gestionnaires publics (comptables et ordonnateurs) a été mis en place. Les infractions à ce régime de responsabilité sont définies par le code des juridictions financières (articles L131-9 à L131-15). En premier ressort, ces infractions relèvent de la compétence de la Cour des comptes, au second degré, elle relève de la cour d'appel financière.

Cour des comptes et CRTC assument également le contrôle de la gestion qui consiste à évaluer la qualité de certaines politiques publiques déterminées. Ce contrôle ne doit jamais porter sur l’opportunité des choix de gestion. Que ce soit au niveau local ou au niveau national, le contrôle va s’effectuer autour de trois axes principaux :

• appréciation de l’efficacité des actions menées, c’est-à-dire le rapport entre les résultats obtenus et les résultats escomptés ;
• appréciation de l’efficience de la dépense, c’est-à-dire le rapport entre les sommes dépensées et les résultats obtenus ;
• appréciation de l’économie de la dépense, c’est-à-dire l’évaluation de son coût, afin de savoir s’il n’y avait pas de manière moins coûteuse d’obtenir des résultats équivalents.

Les CRTC sont en outre chargées d’effectuer, la plupart du temps sur sollicitation du préfet, le contrôle budgétaire dont la finalité consiste à s’assurer du respect par les collectivités territoriales de l’ensemble des contraintes liées à l’exigence d’équilibre réel de leurs budgets.

L'ordonnance du 23 mars 2022 raccourcit les délais de procédure qui s'appliquent au contrôle des comptes et de la gestion par les CRTC.

L’article 58 de la LOLF consacre la mission d’assistance au Parlement de la Cour des comptes. Dans ce cadre, celle-ci doit notamment produire chaque année une certification de la régularité, de la sincérité et de la fidélité des comptes de l’État. Il ne s’agit pas de dire s’ils sont exacts ou non, mais si les procès qui permettent de les tenir garantissent leur fiabilité. La certification s’apparente davantage à une technique d’audit qu’à une technique de contrôle à proprement parler.