La loi Hôpital, patients, santé et territoires (HPST) du 21 juillet 2009 redéfinit les instances de gouvernance des établissements publics de santé.

Les hôpitaux sont désormais dotés d'un conseil de surveillance et ils sont dirigés par un directeur, assisté d'un directoire. Les activités de gestion de l'hôpital qui incombent au directoire sont séparées des activités de contrôle, confiées au conseil de surveillance.

La composition et les missions de ces instances sont définies par le code de la santé publique (articles L6143-1 à L6143-8).

Il possède diverses prérogatives qui étaient auparavant dévolues au conseil d’administration, en particulier celles qui concernent l’organisation interne de l’établissement. Il s'agit du personnage clé dans la gestion d’un établissement. Il en est le représentant légal et en assure la gestion et la conduite générale. Il a autorité sur l’ensemble du personnel, ordonne les dépenses et les recettes et est responsable du bon fonctionnement de tous les services, hormis les compétences relevant de la responsabilité du conseil de surveillance, du directoire ou de la commission médicale d’établissement (CME).

La procédure de nomination du directeur diffère selon le type d’établissement :

• pour les centres hospitaliers universitaires (CHU), il est nommé par décret sur proposition du ministre chargé de la santé et du ministre chargé des universités et de la recherche ;
• pour les centres hospitaliers régionaux (CHR), il est nommé par décret sur proposition du ministre en charge de la santé ;
• pour les centres hospitaliers, il est nommé par arrêté du directeur général du Centre national de gestion. Celui-ci assure la gestion statutaire et le développement des ressources humaines des praticiens hospitaliers et des directeurs de la fonction publique hospitalière.

Le directoire, présidé par le directeur, a pour vice-président le président de la CME. Cet organe collégial :

• approuve le projet médical ;
• prépare le projet d’établissement ;
• conseille le directeur dans la gestion et la conduite de l’établissement.

Ces attributions sont plus réduites que celles du conseil exécutif qu’il remplace depuis la loi HPST.

Le directoire se compose de :

• neuf membres (dont cinq membres de droit) dans les CHU ;
• sept membres (dont trois de droit) dans les autres hôpitaux.

Les membres sont issus majoritairement des personnels de l’établissement exerçant des professions médicales, pharmaceutiques, maïeutiques (sages-femmes) et odontologiques. Les préoccupations des personnels de santé sont ainsi prises en compte dans les décisions de la vie institutionnelle de l’établissement. 

Le conseil de surveillance se prononce sur les orientations stratégiques de l’établissement et exerce un contrôle permanent sur sa gestion et sa santé financière. Le conseil de surveillance :

• a compétence, à titre essentiel, pour délibérer sur le projet d’établissement et sur le compte financier et l’affectation des résultats ;
• délibère sur l’organisation des pôles d’activité et des structures internes ;
• dispose de compétences élargies en matière de coopération entre établissements ;
• donne son avis sur la politique d’amélioration de la qualité, de la gestion des risques et de la sécurité des soins.

Le conseil est doté de trois collèges, formés :

• de représentants des collectivités territoriales ;
• de représentants du corps médical et des personnels hospitaliers ;
• de personnes qualifiées et de représentants des usagers.

Tous les acteurs majeurs du monde hospitalier y sont donc présents et peuvent exprimer leur point de vue. Ils peuvent avoir par ailleurs, au sein du conseil de surveillance, une vision globale de l’hôpital.

Les établissements disposent aussi d’instances consultatives :

• la commission médicale d’établissement (CME) ;
• la commission des soins infirmiers, de rééducation et médico­techniques (CSIRMT) ;
• le comité social et économique (CSE), qui s'est substitué au comité technique d’établissement (CTE) et au comité d’hygiène, de sécurité et des conditions de travail (CHSCT) le 1er janvier 2020 ;
• le comité de lutte contre les infections nosocomiales (Clin).