Les fonctionnaires relèvent de régimes spéciaux de sécurité sociale.

Les prestations maladie sont gérées par :

• des organismes mutualistes pour les fonctionnaires d’État ;
• une caisse nationale spécifique, la Caisse nationale militaire de Sécurité sociale (CNMSS), pour les militaires ;
• le régime général de la sécurité sociale pour les fonctionnaires territoriaux et hospitaliers.

Les prestations familiales sont versées, depuis le 1er janvier 2005, par les caisses d’allocations familiales pour le compte de l’État.

Quant aux pensions de vieillesse et d’invalidité, elles sont versées selon trois modalités :

• directement par l’État aux agents titulaires de la fonction publique de l'État, leur charge étant englobée dans le budget de l’État ;
• par l’intermédiaire d’un fonds spécifique pour les ouvriers des établissements publics à caractère industriel et commercial (EPIC) : le Fonds spécial des pensions des ouvriers des établissements industriels de l’État (FSPOEIE), qui est géré par la Caisse des dépôts et consignations (CDC) ;
• par le biais d’un établissement public national à caractère administratif, la Caisse nationale de retraites des agents des collectivités locales (CNRACL), pour les agents titulaires de la fonction publique territoriale et hospitalière. La CNRACL est également gérée par la CDC.

Des régimes spéciaux de protection sociale sont créés, au XIXe siècle, pour les agents publics et d'autres catégories de salariés (mineurs, cheminots...). L'objectif est d'attirer des travailleurs de qualité (par la perspective d'une pension de retraite, en particulier) et de les fidéliser. Ces régimes spéciaux, généralement plus avantageux que les assurances sociales, auxquelles succède la Sécurité sociale, sont maintenus en 1945. La plupart d'entre eux subsistent aujourd'hui, même s'ils ont fait l'objet de réformes.