Le Parlement européen et le Conseil de l'UE adoptent les mesures définissant le cadre de mise en oeuvre de la politique commerciale commune en statuant par voie de règlements selon la procédure législative ordinaire (art. 207 TFUE). Pour ce qui concerne la négociation d’accords commerciaux avec des tiers, la Commission européenne doit présenter ses recommandations pour le contenu de son mandat de négociation qui doit donc ensuite être validé par les États, via le Conseil à la majorité qualifiée.

Cependant, le Conseil statue encore à l’unanimité (art. 207 TFUE) dans certains domaines :

• commerce des services, des aspects commerciaux de la propriété intellectuelle et des investissements directs étrangers, "lorsque l’accord comprend des dispositions pour lesquelles l’unanimité est requise pour l’adoption de règles internes" ;
• commerce des services culturels et audiovisuels, lorsque des "accords risquent de porter atteinte à la diversité culturelle et linguistique de l’Union" ;
• négociation et conclusion d’accords dans le commerce des services sociaux, d’éducation et de santé, si ceux-ci "risquent de perturber gravement l’organisation de ces services au niveau national et de porter atteinte à la responsabilité des États membres" en ce domaine.

La Commission mène ensuite les négociations au nom de l’Union européenne (UE) sur la base du mandat établi et en coopération avec le "Comité 133", réunissant des représentants des États membres, créé par l’article 133 du traité de Rome. Enfin, le résultat des négociations doit être validé à la fois par le Conseil et par le Parlement européen.

Par ailleurs, la Commission a régulièrement recours à l’organisme de règlement des différends de l’Organisation mondiale du commerce (OMC) pour arbitrer les litiges opposant un ou plusieurs États membres à leurs partenaires commerciaux internationaux.