Le Secrétariat général des affaires européennes (SGAE) assure la coordination de l’action du gouvernement dans le domaine européen. Il harmonise les positions des différents ministères sur toutes les matières européennes. La politique étrangère et de sécurité commune (PESC) demeure pour l’essentiel de la responsabilité du ministère des affaires étrangères. Le SGAE a pris la suite, en octobre 2005, du Secrétariat général du Comité interministériel pour les questions de coopération économique européenne (SGCI), créé en 1948. Tout comme lui, il dépend du Premier ministre et est organisé en secteurs regroupant chacun plusieurs politiques européennes.
Le SGAE est le trait d’union entre la sphère politique et l’administration. Il reçoit toutes les propositions d’actes juridiques élaborées par la Commission européenne. Celles-ci sont transmises aux ministres compétents et, pour avis, au Conseil d’État lorsqu'elles comportent des dispositions législatives. Le chef de secteur du SGAE reçoit les observations des différents ministres concernés par le texte, puis les convoque à une réunion de coordination. La position définie après accord devient la position officielle de la France sur la question. Elle sera défendue par le ministère “chef de file”, c’est-à-dire le plus concerné par le texte.
Le SGAE assure le secrétariat du Conseil interministériel sur l’Europe, créé en octobre 2005 et présidé par le Premier ministre. Il travaille enfin avec la représentation permanente de la France à Bruxelles pour trouver un équilibre entre la position nationale et les nécessités de la négociation européenne.
Le secrétaire général du SGAE est presque toujours conseiller au cabinet du Premier ministre ou du président de la République. L’autorité donnée par ce cumul contribue à limiter les désaccords interministériels irréductibles, et donc le besoin d’un arbitrage du chef du Gouvernement.
Ce dernier bénéficie aussi du concours du ministre délégué ou du secrétaire d’État chargé des affaires européennes, assisté dans ses tâches par le SGAE, notamment en ce qui concerne le respect des impératifs européens dans le travail interministériel.
