Afin d’atteindre un des objectifs visés par les traités, le traité sur le fonctionnement de l’Union européenne prévoit que le Conseil de l'Union peut adopter des mesures en vertu de la clause dite “de flexibilité”. Cette clause permet de réaliser certains objectifs alors qu’aucun moyen d’action n’est spécifiquement prévu dans les traités. La clause de flexibilité permet à l’Union de prendre des mesures pour atteindre un objectif visé par les traités, alors que ceux-ci n’ont prévu aucun moyen d’action correspondant (art. 352 TFUE).

Cette clause existait déjà dans l’article 235 du traité de Rome, dit article sur "les compétences implicites", avec pour but de favoriser le développement des politiques communes afin d’atteindre les objectifs visés par les traités. Si une action apparaît nécessaire au bon fonctionnement de la Communauté mais n’est pas prévue par le traité, elle peut faire l’objet d’une nouvelle politique commune.

Le traité sur le fonctionnement de l'Union européenne développe une conception à la fois plus large et plus contraignante de la clause de flexibilité :

• elle s’applique à l’ensemble des objectifs et politiques de l’Union ;
• le recours à cette procédure est soumis à l’information des parlements nationaux, en vertu du principe de subsidiarité, et à l’approbation – et non plus seulement à l’avis – du Parlement européen.
  Le Conseil statuant à l’unanimité adopte ensuite les mesures appropriées (art. 352 TFUE).

La Cour de justice de l’Union européenne a précisé que l’article 352 TFUE ne saurait servir de fondement à l’adoption de dispositions qui aboutiraient dans leurs conséquences à une modification du traité en dehors de la procédure prévue.
La clause de flexibilité a été particulièrement utilisée pour la construction de l’union économique et monétaire.