Le Conseil de l’Union et le Parlement européen partagent les compétences en matière budgétaire, en statuant chaque année conformément à une procédure législative spéciale (art. 314 TFUE) qui dure du 1er septembre au 31 décembre.

Un avant-projet de budget est présenté par la Commission européenne au Parlement et au Conseil de l’Union réunissant les ministres du budget avant le 1er septembre.

Si le Conseil de l'UE et le Parlement ne parviennent pas à s’accorder, un comité de conciliation paritaire est chargé d’approuver un projet commun. Plusieurs hypothèses sont alors possibles :

• si un projet commun ne peut être adopté, la Commission doit présenter un nouveau projet de budget ;
• si le comité de conciliation s’accorde sur un projet, mais si le Conseil le rejette, le Parlement peut avoir le dernier mot à la majorité de ses membres et des 3/5e des suffrages exprimés. Si un de ses amendements ne recueille pas cette majorité, le budget est adopté sur la base de l’accord du comité de conciliation ;
• en cas d’accord au comité, si le Parlement et/ou le Conseil ne parviennent pas ensuite à statuer, le budget est adopté conformément au projet du comité ;
• si le projet du comité est rejeté par le Conseil et le Parlement, la Commission doit présenter un nouveau projet de budget ;
• si le projet du comité est adopté par le Conseil mais rejeté par le Parlement, la Commission doit présenter un nouveau projet de budget.

L’exécution du budget est assurée par la Commission. Le budget peut être modifié après son adoption. En cas de circonstances exceptionnelles, la Commission présente des projets de budget rectificatifs.

Le traité de Lisbonne fait disparaître la distinction entre dépenses obligatoires, déterminées par les traités ou par des actes arrêtés en vertu de ceux-ci, et dépenses non obligatoires, ce qui accroît les pouvoirs du Parlement européen, puisqu'auparavant c’était le Conseil qui décidait en dernière instance des dépenses obligatoires (politique agricole commune notamment).