À l’origine, il n’y avait que trois institutions : la Commission européenne, le Conseil des ministres de l'UE et le Parlement européen. C’est ce que l’on appelait le "triangle institutionnel".
Le Conseil européen (réunion des chefs d’État et de gouvernement) n’apparaît qu’en 1974 et n’obtient le statut d’institution qu’avec le traité de Lisbonne (entré en vigueur en 2009).
Le traité de Maastricht (1992) a ajouté aux institutions la Cour des comptes européenne, et le traité de Lisbonne, la Banque centrale européenne (BCE).
La classification traditionnelle entre pouvoir exécutif, législatif et judiciaire est difficile à établir, surtout entre le législatif et l’exécutif car :
- les compétences dans le "triangle institutionnel" (Commission, Conseil et Parlement) se chevauchent ;
- les institutions de l’Union européenne (UE) fonctionnent avec des pouvoirs différents dans certains domaines, comme la Politique étrangère et de sécurité commune (PESC).
Le Parlement et le Conseil (dit aussi conseil des ministres) sont co-législateurs à égalité dans le cadre de la procédure législative ordinaire. Cela concerne 70% des domaines d’intervention de l’Union européenne. Mais, pour certaines politiques, le Parlement garde un rôle consultatif. Les décisions de la PESC, qui sont intergouvernementales, relèvent du Conseil statuant à l’unanimité, sauf dans certains cas où il peut avoir recours au vote à la majorité qualifiée.
La Commission européenne dispose du monopole de l’initiative législative dans le cadre de la procédure législative ordinaire. Elle propose les textes et définit leur base juridique qui détermine la procédure à suivre. Ce monopole connaît des exceptions:
- dans les domaines de la coopération judiciaire en matière pénale et de la coopération policière, l’initiative peut également provenir d’un quart des États membres (art. 76 TFUE) ;
- dans le domaine de la PESC, le droit d’initiative appartient aux États membres ainsi qu’au Haut représentant de l’Union pour les affaires étrangères et la politique de sécurité, seul ou avec le soutien de la Commission (art. 30 TUE) ;
- depuis le traité de Lisbonne, il existe un droit d’initiative citoyenne qui permet à un million de ressortissants de l’UE venant d’un nombre significatif d’États membres de soumettre à la Commission une proposition législative (art 11 TUE). Cependant, garante de l’intérêt général, la Commission reste le filtre et décide si elle choisit ou non de transformer cette initiative citoyenne en proposition officielle de règlement ou de directive.
Le pouvoir exécutif est du ressort de la Commission européenne, qui est notamment chargée de l’exécution du budget. Le pouvoir exécutif relève également des États membres, qui doivent mettre en œuvre le droit de l’Union sur leur territoire.
Par ailleurs, le Conseil exerce une fonction exécutive qu’il délègue dans la plupart des cas à la Commission pour l’exécution des règles européennes. Enfin, c’est le Haut représentant qui est chargé de l’exécution de la PESC.
Seule la Cour de justice de l’Union européenne (CJUE) dispose du pouvoir judiciaire. Elle est assistée par toutes les juridictions des États membres, qui appliquent le droit de l’Union européenne et fonctionnent donc comme un pouvoir judiciaire décentralisé.
