De la même manière que pour l’adoption du budget, on trouve en matière d’exécution des modalités très spécifiques, qui ne sont pas superposables avec celles des régimes constitutionnels internes.

L’autorité responsable de la mise en œuvre des crédits européens est la Commission mais elle ne les gère pas tous directement.

Concrètement, il y a cinq modes de gestion des crédits :

• la gestion centralisée directe, dans laquelle ce sont directement les services de la Commission qui dépensent l’argent ;
• la gestion centralisée indirecte, dans laquelle les fonds sont mis en œuvre par des entités extérieures (des agences, européennes ou nationales) sous la surveillance et le contrôle de la Commission ;
• la gestion partagée (environ 80% du budget européen), dans laquelle la répartition des fonds et la gestion des dépenses sont opérées par les États membres directement ;
• la gestion décentralisée, qui permet, sous conditions, de déléguer des crédits à des pays extérieurs à l’Union ;
• la gestion conjointe, très marginale, qui permet de mettre des crédits dans un pot commun, avec d’autres financeurs, au sein d’organisations internationales.

Le budget peut être modifié après son adoption. En cas de circonstances exceptionnelles, la Commission présente, le cas échéant, des projets de budget rectificatifs, tout comme en France le Parlement peut adopter des lois de finances rectificatives.