Depuis le traité de Lisbonne, le président de la Commission européenne est élu par le Parlement européen, sur proposition du Conseil européen. Ce dernier désigne son candidat à la majorité qualifiée "en tenant compte du résultat aux élections au Parlement européen". Dans les faits, cela signifie que le président doit être d’une couleur politique conforme à celle de la majorité au Parlement. Si ce candidat n’est pas approuvé par le Parlement, le Conseil européen en propose un nouveau dans un délai d’un mois, et selon la même procédure (art. 17 TUE).

Pour les élections européennes de 2014, chaque groupe politique du Parlement a désigné une tête de liste ayant vocation, en cas de victoire de leur parti, à devenir président de la Commission. Ce système dit du Spitzenkandidat (“chef de file”) a permis de clarifier les choix offerts aux électeurs. Les cinq candidats en lice ont présenté leur projet pour l’UE et se sont affrontés lors de débats télévisés. Malgré leur réticence face à une évolution qui les dépossède de leur choix, les chefs d’État et de gouvernement ont finalement accepté de se plier à ce nouveau mode de désignation. C'est le candidat du Parti populaire européen (PPE), arrivé en tête des élections, Jean-Claude Juncker, qui a été élu président de la Commission.

Pour les élections de mai 2019, le système du Spitzenkandidat a été de nouveau mis en œuvre au Parlement. Mais le Conseil européen a finalement soutenu la candidature d'Ursula von der Leyen qui n'avait pas participé à la campagne électorale. Elle a été élue présidente de la Commission le 1er décembre 2019.

Les autres commissaires sont proposés par le Conseil de l'UE, en accord avec le président élu de la Commission. Ce dernier se charge également de la répartition des portefeuilles. 

La liste des commissaires est ensuite adoptée par le Conseil à la majorité qualifiée. Le collège ainsi constitué fait l’objet d’un vote d’approbation au Parlement européen, après audition des candidats devant les commissions parlementaires concernées.

La liste des 27 portefeuilles (Commission Van der Leyen, 2019) 

• Lutte contre le changement climatique ;
• Concurrence ;
• Commerce ;
• Haut représentant de l’Union pour les affaires étrangères et la politique de sécurité ;
• Relations interinstitutionnelles et prospective ;
• Valeurs et transparence ;
• Promotion de notre mode de vie européen ;
• Relations inter-institutionnelles et prospective ;
• Démocratie et démographie ;
• Budget et administration ;
• Innovation, recherche, culture, éducation et jeunesse ;
• Emploi et droits sociaux ;
• Économie ;
• Agriculture ;
• Marché intérieur ;
• Cohésion et réformes ;
• Santé et sécurité alimentaire ;
• Justice ;
• Égalité ;
• Affaires intérieures ;
• Gestion des crises ;
• Transports ;
• Voisinage et élargissement ;
• Partenariats internationaux ;
• Énergie ;
• Environnement, océans et pêche ;
• Services financiers, stabilité financière et union des marchés des capitaux.

L'étape de l'audition parlementaire n’est pas que formelle. De nombreux candidats commissaires ont été rejetés par le Parlement, pour divers motifs : idées politiques non conformes à celles du Parlement, manque de compétences, conflit d’intérêts, etc.

Après approbation du Parlement, le Conseil européen, qui réunit les 27 chefs d’État et de gouvernement, nomme officiellement la Commission en statuant à la majorité qualifiée.

Dans leurs fonctions, les commissaires, bien que proposés par le Conseil, donc par les gouvernements, ne représentent pas leur État. Ils sont indépendants et ne doivent subir aucune pression dans l’exécution de leur mission, ni exercer d’autre activité professionnelle.

Un membre de la Commission peut être démis par la Cour de justice de l’Union européenne (CJUE) à la demande du Conseil ou de la Commission, s’il n’a pas respecté les obligations découlant de sa charge. Il doit également présenter sa démission si le président de la Commission le lui demande.

Enfin, la Commission peut être censurée par le Parlement européen, à la majorité des deux tiers de ses membres, ce qui entraîne sa démission collective (art. 234 TFUE).