Toutes les associations, quel que soit leur statut, sont soumises à un contrôle qui peut prendre plusieurs formes.

Après le dépôt du formulaire de création de l’association en préfecture, la légalité de ses statuts et de son objet est vérifiée. En effet, la loi de 1901 prévoit la dissolution judiciaire de "toute association fondée sur une cause ou en vue d’un objet illicite, contraire aux lois, aux bonnes mœurs ou qui aurait pour but de porter atteinte à l’intégrité du territoire national et à la forme républicaine du gouvernement". Il s’agit d’un contrôle a posteriori.

En revanche, les départements d’Alsace et de Moselle, qui ne faisaient pas partie de la République française lorsque la loi de 1901 a été votée, connaissent un régime particulier : le préfet peut, de manière exceptionnelle, contrôler le caractère licite des statuts de l’association avant de délivrer le récépissé.

Il existe également une possibilité de dissolution administrative, par décret pris en Conseil des ministres, en vertu de l'article L212-1 du code de la sécurité intérieure.

Les associations, y compris celles n’ayant pas la personnalité juridique (c’est-à-dire dont les statuts n’ont pas été déposés en préfecture), sont soumises, comme toute personne morale, aux lois et règlements. Elles peuvent être poursuivies devant le juge pénal si certaines de leurs pratiques sont contraires au code pénal (c'est le cas par exemple de certaines sectes ayant le caractère d’associations de fait).

Les associations autorisées à recevoir des dons de la part du public font l’objet d’un contrôle de la Cour des comptes. Les associations recevant plus de 153 000 euros de subventions ou de dons ouvrant droit à une réduction d'impôt doivent, chaque année, faire certifier leurs comptes par un commissaire aux comptes. Toute association relevant de l’obligation légale ou réglementaire doit publier ses comptes annuels, lesquels seront accompagnés du rapport du commissaire aux comptes, en les déposant sur le site dédié aux associations.

La loi Séparatisme du 24 août 2021 comprend de nouvelles obligations fiscales pour les associations (déclaration du nombre de reçus fiscaux émis, du montant global des dons reçus) et prévoit de nouvelles modalités de contrôle par l'administration fiscale.