Le préfet de région est le préfet du département dans lequel se situe le chef-lieu de la région. Dans ce département, il remplit la totalité des prérogatives d’un préfet de département.
Le préfet de région est le garant de la cohérence de l’action de l’État dans la région.
Il a autorité sur les préfets de département, sauf en matière de droit des étrangers, de police administrative et de contrôle de légalité.
Il dirige les services déconcentrés régionaux de l’État.
Il est responsable de l’exécution des politiques de l’État dans la région, ainsi que des politiques communautaires, qui relèvent de la compétence de l’État.
Il contrôle la légalité et le respect des règles budgétaires des actes de la région et de ses établissements publics.
Il préside le comité de l’administration régionale (CAR) qui réunit les préfets de département et les chefs de services déconcentrés régionaux de l’État. C’est après l’avoir consulté qu’il arrête le projet d’action stratégique de l’État dans la région.
Il prépare, par ses informations et ses propositions, les politiques de développement économique et social et d’aménagement du territoire. Ainsi, il est chargé de la négociation puis du déroulement des contrats de plan État-régions (CPER).
Le préfet de région est assisté d'un secrétaire général pour les affaires régionales (SGAR) et des chefs ou responsables des services déconcentrés des administrations civiles de l'État à compétence régionale.
Les attributions du préfet de région sont régies par le décret du 29 avril 2004 relatif aux pouvoirs des préfets, à l'organisation et à l'action des services de l'État dans les régions et départements.
