L'organe délibérant de la métropole est le conseil de la métropole composé de conseillers métropolitains. Il élit un président en son sein.
Le conseil de développement réunit les représentants des secteurs économiques, sociaux, culturels, éducatifs, scientifiques ou associatifs de la métropole. La métropole européenne de Lille et l'eurométropole de Strasbourg associent les autorités publiques locales du pays voisin, les organismes transfrontaliers ainsi que les groupements européens de coopération territoriale dont elles sont membres aux travaux du conseil de développement de la métropole.
La loi du 27 décembre 2019 "Engagement et proximité" a abrogé l'article du code général des collectivités territoriales (CGCT) qui prévoyait une conférence métropolitaine, instance de coordination entre la métropole et les communes membres. Désormais, la création d'une conférence des maires est obligatoire dans les EPCI à fiscalité propre, sauf lorsque le bureau de l'établissement public comprend déjà l'ensemble des maires des communes membres.
Elles assurent de plein droit les compétences suivantes :
- développement et l’aménagement économique, social et culturel : création de zones d'activités, actions de développement économique, promotion du tourisme... ;
- aménagement de l’espace métropolitain : schéma de cohérence territoriale et schéma de secteur, organisation de la mobilité, participation à la gouvernance des gares... ;
- politique locale de l’habitat ;
- politique de la ville : définition des orientations du contrat de ville... ;
- gestion des services d’intérêt collectif : assainissement des eaux usées, cimetières et sites cinéraires, abattoirs marchés... ;
- protection et la mise en valeur de l’environnement et de politique du cadre de vie : gestion des déchets ménagers, lutte contre la pollution de l'air et contre les nuisances sonores, soutien aux actions de maîtrise de l'énergie, élaboration du plan climat-air-énergie territorial...
En plus de ces compétences, elles peuvent exercer, par convention, des compétences relevant du département ou de la région (par exemple, attribution des aides au titre du fonds de solidarité pour le logement). De même, les métropoles qui en font la demande peuvent exercer des compétences par délégation de l’État en matière d’habitat.