La loi du 19 janvier 1999, modifiée par celle du 11 avril 2003 relative à l'élection des conseillers régionaux, fixe le mode de scrutin des élections régionales. Les conseillers régionaux sont élus selon un mode de scrutin de liste, à deux tours, avec représentation proportionnelle à la plus forte moyenne, sans panachage ni vote préférentiel, se combinant avec une prime majoritaire. Les conseillers de l'assemblée de Corse sont élus selon le même mode de scrutin.

Les listes de candidats sont régionales mais constituées d'autant de sections qu'il y a de départements dans la région. Les départements dont la population est inférieure à 100 000 habitants ont au moins deux conseillers régionaux au sein du conseil régional. Les départements dont la population est d’au moins 100 000 habitants ont au moins quatre conseillers régionaux.

Chaque liste est composée alternativement d’un candidat de chaque sexe.

Une déclaration de candidature est obligatoire avant chaque tour de scrutin. 

Au premier tour, la liste qui recueille la majorité absolue des suffrages exprimés reçoit un quart des sièges à pourvoir, arrondi à l’entier supérieur (article L338 du code électoral). Les autres sièges sont répartis à la proportionnelle suivant la règle de la plus forte moyenne entre les listes ayant obtenu plus de 5% des suffrages exprimés.

Si aucune liste n’obtient la majorité absolue, il est procédé à un second tour. Seules sont autorisées à se présenter les listes ayant obtenu plus de 10% des suffrages exprimés au premier tour. Par ailleurs, entre les deux tours, les listes peuvent être modifiées, notamment pour fusionner avec des listes ayant obtenu au moins 5% des suffrages exprimés. La répartition des sièges se fait selon les mêmes règles que pour le premier tour (la majorité absolue n’étant plus requise).