Les ministères ont des services déconcentrés répartis en plusieurs niveaux géographiques. Ces services sont généralement placés sous l’autorité d’un préfet :
- le préfet de département dirige les directions départementales ;
- le préfet de région est à la tête des directions régionales : il s'agit du préfet du département dans lequel se situe le chef-lieu de la région.
Certains ministères (justice, administration fiscale, Éducation nationale) ont une organisation spécifique et leurs services déconcentrés échappent à l'autorité du préfet. Par exemple, les académies de l'Éducation nationale sont dirigées par un recteur.
Les services déconcentrés regroupent plus de 85% des agents de l’État. Les agents de l'État qui travaillent dans les services déconcentrés ne doivent pas être confondus avec les agents des collectivités territoriales qui appartiennent à la fonction publique territoriale.
L’expression "services déconcentrés" est apparue dans la loi du 6 février 1992 sur l’administration territoriale de la République (ATR). Auparavant, on parlait de "services extérieurs".
L'organisation des services déconcentrés évolue constamment, au gré des réformes de l'État et de son administration.
La révision générale des politiques publiques (RGPP), initiée en 2007, modifie l’organisation des services déconcentrés pour les rationaliser :
- la région devient alors le niveau de pilotage de droit commun (c'est-à-dire d'animation et de coordination) des politiques publiques de l’État sur le territoire ;
- ces politiques sont ensuite mises en œuvre au niveau départemental ;
- l’ensemble des services régionaux et des services départementaux sont regroupés et ne reflètent plus le découpage ministériel, comme c'était le cas auparavant.
Le décret du 3 décembre 2009 crée trois directions départementales interministérielles :
- la direction départementale de la protection des populations (DDPP) ;
- la direction départementale de la cohésion sociale (DDCS) : dans les départements de moins de 400 000 habitants, la DDPP et la DDCS peuvent être fusionnées dans une direction de la cohésion sociale et de la protection des populations (DDCSPP) ;
- la direction départementale des territoires (DDT) ou direction des territoires et de la mer (DDTM) si le département possède une façade maritime.
Depuis le décret du 14 août 2020, les directions départementales interministérielles relèvent du ministère de l'intérieur (et non plus du Premier ministre) et sont placées sous l'autorité du préfet de département.
Le décret du 16 février 2010 institue huit directions régionales :
- la direction régionale des entreprises, de la concurrence, de la consommation, du travail et de l’emploi (DIRECCTE) ;
- la direction régionale de l’environnement, de l’aménagement et du logement (DREAL) ;
- la direction régionale de la jeunesse, des sports et de la cohésion sociale (DRJSCS) ;
- la direction régionale de l’alimentation, de l’agriculture et de la forêt (DRAAF) ;
- la direction régionale des affaires culturelles (DRAC) ;
- la direction régionale des finances publiques (DRFiP) ;
- le rectorat d’académie ;
- les agences régionales de santé (ARS).
Le décret du 9 décembre 2020 vise une rationalisation des services déconcentrés de l'emploi et de l'insertion. Ce décret aboutit à un nouveau regroupement des compétences au 1er avril 2021 :
- les directions régionales de l'économie, de l'emploi, du travail et des solidarités (DREETS) regroupent les missions des DIRECCTE et les services déconcentrés chargés de la cohésion sociale (et une partie des compétences des directions régionales et départementales de la jeunesse, des sports et de la cohésion sociale) ;
- les unités départementales des DIRECCTE sont intégrées aux directions départementales interministérielles de la cohésion sociale pour former les nouvelles directions départementales de l'emploi, du travail et des solidarités et les directions départementales de l'emploi, du travail, des solidarités et de la protection des populations.