L’organe délibérant de l’EPCI, comité syndical ou conseil communautaire, fonctionne pour l’essentiel comme le conseil municipal (article L5211-1 du code général des collectivités territoriales - CGCT). Il règle, par ses délibérations, les affaires qui relèvent de la compétence de l’EPCI (urbanisme, tourisme, gestion de l'eau...) en application du principe de spécialité. Il vote le budget ou les délégations de gestion d’un service public.
Il se réunit au moins une fois par trimestre, sur convocation du président. Ses délibérations sont publiques (sauf demande de huis clos).
L’organe délibérant est composé de conseillers communautaires désignés de manière différente selon la taille des communes. L'article L273-5 du code électoral dispose que "nul ne peut être conseiller communautaire s’il n’est conseiller municipal ou conseiller d’arrondissement".
Depuis la loi du 17 mai 2013, les conseillers communautaires sont élus au suffrage universel, en même temps que les conseillers municipaux. Avant cette loi, les conseillers communautaires étaient désignés par les conseils municipaux.
Le mode de scrutin dépend de la taille de la commune :
- dans les communes de moins de 1 000 habitants, les conseillers communautaires sont désignés parmi les conseillers municipaux élus en suivant l'ordre du tableau ;
- dans les communes de 1 000 habitants et plus, les conseillers communautaires sont élus au suffrage universel direct, à la fois, pour un mandat de conseiller municipal et pour un mandat de conseiller communautaire (sur chaque bulletin de vote, figurent une liste pour le conseil municipal et une liste pour le conseil communautaire, la "liste intercommunale").
Le président du conseil communautaire est l'organe exécutif de l'EPCI. Il est élu par l'organe délibérant selon les règles applicables à l'élection du maire (article L2122-7 CGCT). Le président :
- prépare et exécute les délibérations de l’organe délibérant, il est l’ordonnateur des dépenses ;
- est le chef des services de l’EPCI, qu'il représente en justice ;
- est assisté de vice-présidents dont le nombre, compris entre 4 et 15, ne peut excéder 20% de l’effectif communautaire, et peut, enfin, leur donner délégation pour l’exercice d’une partie de ses fonctions.