Bien que de profils très divers (autosuffisants ou importateurs), les pays en développement (PED) constituent deux tiers des membres de l’OMC. Leurs considérations sont prises en compte de diverses manières. Tout d’abord, à l’instar du GATT, l’OMC autorise un traitement différencié et plus favorable aux pays en développement, par le Système généralisé de préférences (SGP), exception à la clause de la nation la plus favorisée. Dans ce cadre, les pays développés peuvent accepter des droits faibles ou nuls à l’importation de produits des PED.

Par ailleurs, la procédure de règlement des différends, innovation de l’OMC, a pu apparaître entre autres comme un outil à destination des PED, leur permettant, par le biais de recours, d’éviter les mesures de rétorsion unilatérales des grandes puissances.

Dès 2001, pour répondre aux besoins de ces pays et améliorer leur accès aux marchés, le cycle de Doha lance le « Programme de développement ». Son préambule souligne le rôle du commerce international dans le développement et la réduction de la pauvreté. Quelques décisions sont prises, comme la suppression des subventions aux exportations agricoles ou l’assouplissement du droit des brevets. Mais leur mise en œuvre reste suspendue à un accord global, que l’ampleur des différends ne permet pas d’atteindre.

Enfin, le fonctionnement de l’OMC s’avère maintenir l’asymétrie entre pays développés et en développement. Souscrivant à la libéralisation imposée par les accords de Marrakech en 1994, de nombreux PED ont en fait vu leur situation économique se dégrader. Cette tension Nord-Sud est devenue particulièrement manifeste au moment des cycles de négociation, lors desquels les PED constituent des minorités de blocage (par exemple la coalition africaine sur la question du coton). À la Conférence ministérielle de Singapour en 1996, ils refusent toute référence aux normes de travail dans la déclaration finale. La Conférence de Seattle en 1999 échoue elle aussi sur les questions agricoles et les normes sociales. Celle de Cancun en 2003 achoppe quant à elle suite à une mobilisation des PED sur la question des investissements ou de la transparence des marchés publics.