Siégeant à Washington, le FMI repose sur un organe de décision appelé Conseil des gouverneurs, composé d’un gouverneur et d’un gouverneur suppléant pour chacun des 189 États membres. Il se réunit une fois par an, lors de l’Assemblée annuelle du FMI et de la Banque mondiale. Il lui revient notamment l’approbation des augmentations de quotes-parts, les allocations de droits de tirages spéciaux (DTS), ou l’admission de nouveaux membres.
Le Conseil des gouverneurs délègue presque tous ses pouvoirs au Conseil d’administration, chargé de la gestion de l’institution. Il est composé de 24 membres, qui représentent des pays et groupes de pays : cinq nommés par les pays qui détiennent les cinq quotes-parts les plus élevées (États-Unis, Japon, Allemagne, France et Royaume-Uni) et 19 par les 183 autres pays membres. Ce Conseil examine tous les aspects du travail du FMI. Les décisions y sont prises normalement par consensus, même si certaines nécessitent un vote. Dans ce cas, le FMI a opté pour la pondération des voix en fonction de la situation des États dans l’économie mondiale. Les décisions sont prises à une majorité qualifiée de 85 % des droits de vote, le pourcentage de voix d’un pays dépendant de sa quote-part.
En 2011, afin d’assurer une meilleure représentativité aux pays émergents, ces derniers se sont vu transférer 9 % du total des quotes-parts des pays riches. En outre la Turquie a vu sa quote-part augmenter de 51 % et la Chine de 50 %. Ce relèvement est associé à une augmentation des voix, le total des voix des pays émergents atteignant près de 50 % au sein du FMI. Mais l’addition des voix des États-Unis (à eux seuls plus de 16 %) et des pays de l’Union européenne, s’ils votent dans le même sens, leur accorde de facto un droit de veto.
Enfin, le Conseil d’administration est présidé par le directeur général du FMI, qui est également le chef du personnel d’administration. Nommé par le Conseil pour un mandat de cinq ans renouvelable, il est assisté par quatre directeurs généraux adjoints. Depuis la création du FMI, en vertu d’un accord tacite avec les États-Unis souhaitant prendre la direction de la Banque mondiale, tous les directeurs généraux ont été européens.