Cette thématique impose de distinguer le continent européen au sens large d’une part, et l’Europe comme construction politique d’autre part.
Sur le continent européen, une première organisation internationale est mise en place en 1949, comme suite au traumatisme de la Seconde Guerre mondiale : le Conseil de l’Europe. Composé aujourd'hui de 47 États membres, ses compétences s’étendent au-delà de l’actuelle Union européenne. Ses membres signent en 1950 la Convention de sauvegarde des droits de l’homme et des libertés fondamentales (ou Convention européenne des droits de l’homme). Se référant à la Déclaration universelle des droits de l’homme de 1948, elle est complétée par des protocoles, comme le protocole 13 de 2003, abolissant la peine de mort. Toutefois, pour ne pas freiner le processus de ratifications, le système des dérogations autorise les États parties à déroger à certains des droits garantis. La Convention s’appuie depuis 1959 sur la Cour européenne des droits de l’homme, qui est une juridiction du Conseil de l’Europe. En outre, en 1999, le Conseil de l’Europe crée le Commissaire aux droits de l’homme, chargé de promouvoir ces droits et d’aider les États membres à mettre en œuvre les normes en la matière.
D'autres organisations en Europe ont pu contribuer à la protection des droits de l’homme. L’Organisation pour la sécurité et la coopération en Europe (OSCE, initialement Conférence sur la sécurité et la coopération en Europe – CSCE), mise en place en 1973 pour traiter des questions de sécurité pendant la Guerre froide, est devenue un lieu de dialogue en matière de droits de l’homme.
En ce qui concerne la construction européenne, la protection des droits de l’homme ne figure pas dans les textes fondateurs. Toutefois, elle a été assurée progressivement. Les droits fondamentaux sont ainsi définis et défendus par la Cour de justice de l’Union européenne (CJUE), créée dès 1952 (Cour de justice des Communautés européennes – CJCE – jusqu’en 2009).
Par ailleurs, si les droits de l’homme sont absents du traité de Rome (1957), ils sont affirmés dans les traités européens suivants. Le traité de Maastricht (1992) instaure la notion de citoyenneté européenne, associée à de nouveaux droits. Celui d’Amsterdam (1997) fait du respect des droits de l’homme une condition pour l’adhésion de nouveaux États, et introduit une procédure de suspension de certaines prérogatives découlant du traité en cas de violation grave et persistante. Il ajoute en outre la mention des droits sociaux. Le processus de codification avance en 2000 avec la Charte européenne des droits fondamentaux.
En 2009, avec le traité de Lisbonne, la Charte devient contraignante, et donc invocable par tout citoyen européen. Devant être respectée par les institutions et agences de l’UE, ainsi que par les États membres, elle reprend le contenu des textes existants (par exemple la Charte communautaire des droits sociaux des travailleurs de 1989) et couvre des droits de nouvelle génération comme la bioéthique ou la protection des données. Par ailleurs, en octroyant la personnalité juridique à l’UE, le traité de Lisbonne permet à cette dernière d’adhérer à la Convention européenne des droits de l’homme (CEDH), mais ce processus est toujours en cours.
Sur le plan institutionnel enfin, en 2007, l’Agence des droits fondamentaux de l'Union européenne succède à l’Observatoire européen des phénomènes racistes et xénophobes, instauré en 1997 pour collecter des données, produire des travaux et sensibiliser aux droits fondamentaux.
