Le corps des préfets dirige les services déconcentrés. Ainsi le préfet de région, qui est le préfet du département où se trouve le chef-lieu de la région, représente l’État à l’échelon régional, le préfet de département à l’échelon départemental et le sous-préfet à l’échelle de l’arrondissement. Depuis un décret du 16 février 2010, le préfet de région a autorité sur les préfets de département pour la mise en œuvre des politiques publiques (en dehors des questions relatives au maintien de l’ordre public et au droit des étrangers).
Pour certains services dont les particularités sont importantes, il existe une direction propre rattachée au ministère concerné. C’est le cas des services déconcentrés du ministère de la Défense, dirigés par des préfets de zones de défense, ou de ceux de l’Éducation nationale (académies) dirigés par les recteurs.
Les préfets et sous-préfets sont sous l’autorité directe du ministre de l’Intérieur et sont les représentants personnels de chacun des ministres. Ils sont nommés par décret du président de la République et sont astreints à une stricte loyauté à l’égard du gouvernement. En tant que représentant du Gouvernement, ils doivent mettre en œuvre ses décisions en s’appuyant sur les services déconcentrés de chacun des ministères. Ils dirigent également de nombreuses réunions destinées à organiser des actions interministérielles nécessitant la participation de plusieurs services déconcentrés, aussi bien en période normale (ex : politiques de sécurité) qu’en période exceptionnelle (ex : tempêtes de décembre 1999, canicule de l’été 2003).
Néanmoins, cette position hiérarchique des préfets est toujours quelque peu contestée. En effet, les moyens de communication modernes permettent aux services déconcentrés de prendre l’avis de leur administration centrale plutôt que d’attendre les directives du préfet.
