L’administration applique le droit de l’Union, selon les cas, soit immédiatement, soit après transposition du texte européen dans le droit national.
En effet, le droit de l’Union a une valeur supérieure à celle du droit national. Une transposition – c’est-à-dire l’adaptation du droit français aux exigences de la législation de l’Union – est cependant nécessaire dans le cas des directives et des décisions-cadres. Pour les autres textes européens, la situation est différente : les règlements et les décisions sont directement applicables sans transposition, les recommandations et les avis ne sont pas contraignants.
Pour les transpositions, les directives de l’Union européenne ne lient les États membres qu’en ce qui concerne les résultats à atteindre, mais les laissent libres de choisir les moyens d’y parvenir. L’administration française doit alors déterminer si le droit national est déjà conforme à la directive, et dans la négative, s’il convient de modifier le droit interne par la loi ou le règlement. Le Secrétariat général du gouvernement (SGG) et le Secrétariat général aux affaires européennes (SGAE) centralisent le processus de transposition. Le Conseil d’État joue aussi un rôle essentiel, en distinguant ce qui, dans la directive, relève du domaine de la loi ou du règlement au vu des articles 34 et 37 de la Constitution.
La supériorité du droit de l’Union sur le droit national a été confirmée par plusieurs institutions. Ainsi, la Cour de justice des communautés européennes (CJCE, devenue en 2009 la CJUE : Cour de justice de l’Union européenne) considérait que le droit communautaire constituait un nouvel ordre juridique et devait s’imposer à celui des États membres (notamment l’arrêt Simmenthal du 9 mars 1978). En France, la Cour de cassation a rapidement suivi ce même raisonnement, depuis l’arrêt Société des Cafés Jacques Vabre du 24 mai 1975. En revanche, le Conseil d’État a été plus réticent à formuler cette supériorité du droit communautaire. C’est cependant chose faite depuis son arrêt Nicolo du 20 octobre 1989.
