Le statut de fonctionnaire implique non seulement des droits mais aussi des devoirs, inscrit dans le code général de la fonction publique. Il s'agit notamment de :

• l'obligation d'effectuer les tâches confiées : le fonctionnaire, quel que soit son niveau dans la hiérarchie, est responsable de l'exécution des tâches qui lui sont confiées. Il n'est pas dégagé de ses responsabilités par "la responsabilité propre de ses subordonnés" ;
• l'obligation d'obéissance hiérarchique : le fonctionnaire est lié par le principe hiérarchique. Il doit se conformer aux ordres de ses supérieurs, sauf lorsque "l'ordre donné est manifestement illégal et de nature à compromettre gravement un intérêt public" ;
• l'obligation de se consacrer entièrement à ses fonctions : en principe, un fonctionnaire ne peut pas cumuler ses fonctions avec une autre activité, privée ou publique. Il existe néanmoins des exceptions et dérogations, par exemple pour les activités d’enseignement ou d’écriture ou pour la création ou la reprise à temps partiel d'une entreprise ;
• l'obligation de dignité signifie que le fonctionnaire ne doit pas, par son comportement, porter atteinte à la réputation de son administration (dénonciation calomnieuse, scandale public en état d’ébriété…) ;
• l'obligation d’impartialité exige du fonctionnaire de se départir de tout préjugé d'ordre personnel et d’adopter une attitude impartiale dans ses fonctions ;
• l'obligation de probité impose au fonctionnaire de ne pas utiliser ses fonctions pour en tirer un profit personnel. Le principe d'intégrité est proche de celui de probité. Il nécessite également du fonctionnaire d’exercer ses fonctions de manière désintéressée ;
• l'obligation de neutralité et de respect du principe de laïcité. Le fonctionnaire doit traiter de façon égale tous les usagers, indépendamment de leurs origines, leur sexe, leurs convictions politiques ou religieuses, et respecter leur liberté de conscience et leur dignité. Il lui est interdit de manifester ses opinions religieuses durant son service ;
• l'obligation de faire cesser ou prévenir les situations de conflit d’intérêts : cette obligation date de la loi du 20 avril 2016. Le fonctionnaire doit veiller à mettre fin immédiatement ou à prévenir les situations de conflit d'intérêts dans lesquelles il se trouve ou pourrait se trouver. Le conflit d’intérêts est défini comme "toute situation d’interférence entre un intérêt public et des intérêts publics ou privés, de nature à influencer ou paraître influencer l’exercice indépendant, impartial et objectif des fonctions" ;
• les obligations de secret professionnel et de discrétion professionnelle : les fonctionnaires sont tenus au secret professionnel dans le cadre des règles instituées par le code pénal. Ils doivent, par ailleurs, faire preuve de discrétion professionnelle pour tous les faits, informations ou documents dont ils ont connaissance dans l'exercice ou à l'occasion de l'exercice de leurs fonctions ;
• le devoir d’information : les fonctionnaires doivent satisfaire aux demandes d'information du public. Cette obligation est la traduction statutaire du principe de libre accès aux documents administratifs. Le devoir d’information est toutefois limité par le secret professionnel et par l'obligation de discrétion professionnelle ;
• l’obligation de réserve contraint le fonctionnaire, à qui la liberté d’expression est garantie, d’observer une retenue dans l’expression de ses opinions, notamment politiques (par exemple propos violents ou injurieux). Cette obligation ne figure pas dans la loi, elle est appréciée par le juge administratif. 

Ces devoirs s'imposent également aux agents contractuels de la fonction publique. 

Depuis 2017, certains hauts fonctionnaires sont soumis à des obligations déontologiques particulières (déclaration d’intérêts, etc.).

Le contrôle déontologique des fonctionnaires est confié à la Haute Autorité de transparence de la vie publique (HATVP) depuis la loi du 6 août 2019 de transformation de la fonction publique (suppression de la commission de déontologie de la fonction publique).

Un décret du 30 janvier 2020 fixe les modalités du cumul d'activités des agents publics et des contrôles d'exercice d'une activité privée.

Le contrôle de mobilité est obligatoire pour les hauts fonctionnaires. La HATVP contrôle également le rétro-pantouflage (fait pour un fonctionnaire de réintégrer ou d'intégrer l'administration après avoir travaillé dans le privé).